Dzieje parafii w Pawlikowicach sięgają początków XX wieku. Dokładnie 15.07.1903r. Towarzystwo „Powściągliwość i Praca” wykupuje zaniedbany pawlikowicki folwark oraz dwór Morsztynów od Kasy Oszczędności miasta Wieliczki. Kierowane przez księdza Bronisława Markiewicza Towarzystwo utworzone zostało w Miejscu Piastowym koło Krosna w 1898 roku, aby w duchu świętego Jana Bosko opiekować się opuszczonymi i zaniedbanymi dziećmi oraz młodzieżą. Rozkwit tej placówki i jej osiągnięcia zwróciły uwagę Rady Miejskiej Krakowa, która zapragnęła mieć na swym terenie podobny zakład wychowawczy.
Dnia 03.08.1903r. 36-osobowa grupa ochotników, starszych wychowanków z Miejsca Piastowego, pod przewodnictwem doświadczonego współpracownika księdza Markiewicza, Jana Latuska, późniejszego dyrektora Zakładu, trafia do Pawlikowic i energicznie podejmuje dzieło budowy placówki wychowawczej. Pracując z poświęceniem przystosowali zniszczony budynek do pracy dydaktyczno-wychowawczej dla 150-ciu podopiecznych. Zakład stał się kuźnią szlachetnych charakterów, szkołą wiary i patriotyzmu, a jednocześnie ośrodkiem wszechstronnego kształcenia młodych ludzi. Otwarto w nim podstawową szkołę ludową, prywatne gimnazjum, warsztaty zawodowe, a także powołano liczne koła zainteresowań. Pawlikowicki Zakład promieniował wartościami duchowymi i kulturalnymi nie tylko na najbliższą okolicę, ale zwracał uwagę całej Polski, toteż odwiedzało go wielu znakomitych ludzi. Szczególnym gościem był Ojciec Założyciel, ksiądz Markiewicz, który przy okazji wizyty 14.10.1909r. zapisał w „Albumie pamiątkowym”: Zbudowany wielce Zakładem, dziękuję Bogu za łaski mu dane (…). Historyczną była też wizyta księdza biskupa Adama Sapiehy 15.04.1912r., który przez cały czas swej biskupiej posługi okazywał Zgromadzeniu i pawlikowickiemu ośrodkowi wielką życzliwość. To właśnie dzięki jego staraniom 29.09.1921r. nastąpiło kanoniczne zatwierdzenie Zgromadzenia świętego Michała Archanioła.
W tym samym roku Zakład wzbogacił się o własną kaplicę w Domu Zakonnym, w której przez długie lata odprawiane były nabożeństwa gromadzące mieszkańców pobliskich wiosek, masowo uczestniczących w obchodach uroczystości religijnych. W dwa lata po wydaniu dekretu erygującego Zgromadzenie w Pawlikowicach powołano nowicjat, który dawał formację zakonną wychowawcom opuszczonej młodzieży. Jego wybitnymi wychowankami byli zamordowani w obozach koncentracyjnych księża michalici: Wojciech Nierychlewski i Władysław Błądziński, a także ksiądz biskup Jan Chrapek, ordynariusz diecezji radomskiej, człowiek dobra, miłości i nadziei, który zginął w wypadku samochodowym 18.10.2001r.
Od początku istnienia Zakładu w Pawlikowicach żyją i pracują tu siostry michalitki, zajmujące się różnymi dziedzinami gospodarczymi oraz katechizacją dzieci. Ich służebna postawa i żarliwość religijna po dziś dzień zjednują im szacunek otoczenia i stanowią wzór do naśladowania dla innych.
W latach trzydziestych XX wieku, przed II Wojną Światową, pawlikowicki ośrodek przeżywał okres wielkiego rozkwitu. Niestety okupacja niemiecka znacznie ograniczyła jego działanie wychowawcze. W tym czasie w Zakładzie istniała zakonspirowana komórka ruchu oporu, współpracująca z Armią Krajową. Po zakończeniu wojny – na krótko – Michalici wznowili działalność wychowawczo-edukacyjną, ale już w 1951 roku władze komunistyczne Polski Ludowej zlikwidowały ich ośrodek, w obawie aby duchowieństwo katolickie nie miało wpływu na wychowanie w duchu religijnym i patriotycznym młodych Polaków. Opatrznościowym aktem dla utrzymania się księży michalitów na ich pawlikowickiej placówce było ustanowienie samodzielnej parafii w Pawlikowicach przez księdza kardynała Adama Sapiehę w 1951 roku. Uchroniło to tę wielce zasłużoną placówkę religijną od likwidacji przez komunistów.
Współczesny rozdział dziejów duszpasterstwa w Pawlikowicach rozpoczyna budowa kościoła parafialnego na planie krzyża, projektu Wojciecha Hanusiaka, Jacka Szczudły i Tomasza Śledzińskiego. Okazałą świątynię wznoszono w latach 1989-1991. Po wmurowaniu, przez księdza biskupa Stanisława Smoleńskiego, w jej ścianę kamienia węgielnego z Góry Gargano, odprawiona została tu pierwsza msza święta. Nastąpiło to 29.09.1991r.
Wkrótce też, po przywróceniu w Polsce ustroju demokratycznego, decyzją Zarządu Generalnego Zgromadzenia wznowiona została działalność wychowawcza michalitów w utworzonej Katolickiej Placówce Opiekuńczo-Wychowawczej, którą uroczyście poświęcił w dniu 19.09.1993r. Nuncjusz Papieski w Polsce – ksiądz arcybiskup Józef Kowalczyk. Wydarzenie to zbiegło się z obchodami 90-tej rocznicy działalności michalitów i michalitek w Pawlikowicach. Po kilku latach, w 1997 roku, placówka ta zmieniła nazwę na Dom Dziecka „Moja Rodzina”.
Wielkie wydarzenie duchowe przynosi dzień 13.06.1999r., kiedy to Ojciec Święty Jan Paweł II wynosi dwóch kapłanów z pawlikowickiego Zgromadzenia – księdza Wojciecha Nierychlewskiego i księdza Władysława Błądzińskiego (obaj zginęli zamordowani w obozach hitlerowskich) – na ołtarze i zalicza ich do grona błogosławionych. W tym samym roku michalita, wychowanek tutejszego nowicjatu, ksiądz doktor Jan Chrapek mianowany zostaje biskupem – ordynariuszem diecezji radomskiej.
Wspólnota wiernych w Pawlikowicach przeżywa podniosłe chwile w dniach złotego jubileuszu parafii, 29.09.2001r., w uroczystość świętego Michała Archanioła – patronalne święto Zgromadzenia, a zarazem w 80-tą rocznicę jego kanonicznego zatwierdzenia. Wtedy to metropolita arcybiskup krakowski, ksiądz kardynał Franciszek Macharski, dokonuje konsekracji kościoła, a także odsłania tablicę pamiątkową dedykowaną księciu kardynałowi Stefanowi Sapiesze w 50-tą rocznicę jego śmierci. W tym szczególnym roku, decyzją Kurii Krakowskiej, przyłączona zostaje do parafii pawlikowickiej wieś Chorągwica. W tamtejszym kościele pod wezwaniem świętego Floriana, powstałym wielkim nakładem pracy społeczeństwa Chorągwicy, przez wiele lat sprawowali funkcję duszpasterską księża michalici z Pawlikowic. Dnia 29.09.2003r., w święto Archaniołów: Michała, Gabriela i Rafała, spadkobiercy tradycji duchowej księdza Markiewicza wraz z wiernymi podziękowali Bogu za 100 lat posługiwania michalitów w Pawlikowicach.
Ich wielki nauczyciel – założyciel Zgromadzenia, miał być pierwotnie beatyfikowany, w uznaniu heroiczności cnót, 24.04.2005r., ale śmierć papieża Jana Pawła II spowodowała iż ogłoszenie Sługi Bożego księdza Bronisława Markiewicza błogosławionym odbyło się 19.06.2005r. w Warszawie, na zakończenie obrad III Krajowego Kongresu Eucharystycznego, a dokonał tego Prymas Polski ksiądz kardynał Józef Glemp. Wkrótce potem, 02.10.2005r., podczas uroczystej mszy świętej odprawionej przez metropolitę krakowskiego, księdza kardynała Stanisława Dziwisza, wierni dziękowali Bogu za dar tej beatyfikacji, a wydarzenie to upamiętniło – odsłonięte wówczas i poświęcone przez księdza kardynała – epitafium z relikwiarzem błogosławionego księdza Bronisława Markiewicza.
Kolejną wielką uroczystością było włączenie wspólnoty parafialnej świętego Michała Archanioła w Pawlikowicach, 11.05.2006r., w „Akt zawierzenia świata Bożemu Miłosierdziu”, dokonany przez Papieża Jana Pawła II w dniu 17.08.2002r. podczas jego pielgrzymki do Sanktuarium w Łagiewnikach. W dniach 31.08-01.09.2012r. parafia przeżywała dwudniową peregrynację obrazu Jezusa Miłosiernego wraz z relikwiami świętych (wówczas błogosławionych): siostry Faustyny Kowalskiej oraz papieża Jana Pawła II, zaś w dniach 02-04.08.2013r. uroczyście obchodzono peregrynację figury św. Michała Archanioła – patrona pawlikowickiej parafii oraz świątyni – znajdującej się na co dzień w grocie na Górze Gargano (Monte Sant’Angelo, Włochy), którą to opiekują się księża michalici.
Źródło: „Parafia św. Michała Archanioła w Pawlikowicach”. Tekst na podstawie archiwum parafii.